| Primera etapa | 10.08.2016 | Fénix | - | Cerro Porteño | 1:0 | ||||
| Primera etapa | 18.08.2016 | Cerro Porteño | - | Fénix | 2:0 | ||||
| Segunda etapa | 25.08.2016 | Cerro Porteño | - | Real Potosí | 6:0 | ||||
| Segunda etapa | 16.09.2016 | Real Potosí | - | Cerro Porteño | 0:1 | ||||
| Octavos de final | 23.09.2016 | Santa Fe | - | Cerro Porteño | 2:0 |  |
|||
| Octavos de final | 30.09.2016 | Cerro Porteño | - | Santa Fe | 4:1 | ||||
| Cuartos de final | 19.10.2016 | Independiente Medellín | - | Cerro Porteño | 0:0 | ||||
| Semifinales | 02.11.2016 | Cerro Porteño | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Semifinales | 25.11.2016 | Atlético Nacional | - | Cerro Porteño | 0:0 |
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