| 22. Jornada | 27.02.2016 | SV Schalding-Heining | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 23. Jornada | 05.03.2016 | Wacker Burghausen | - | Bayern Múnich II | 1:0 |  |
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| 24. Jornada | 12.03.2016 | FC Memmingen | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 19.03.2016 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:1 | |
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| 26. Jornada | 26.03.2016 | 1. FC Nürnberg II | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 02.04.2016 | Wacker Burghausen | - | Viktoria Aschaffenburg | 0:3 | ||||
| 31. Jornada | 29.04.2016 | Wacker Burghausen | - | Augsburgo II | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 06.05.2016 | FC Amberg | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 33. Jornada | 16.05.2016 | Wacker Burghausen | - | FV Illertissen | 4:1 | ||||
| 34. Jornada | 21.05.2016 | SpVgg Bayreuth | - | Wacker Burghausen | 3:5 |
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