| 1. Jornada | 23.08.1998 | Ionikos Nikea | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 30.08.1998 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 4:3 |  |
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| 3. Jornada | 13.09.1998 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | ||||
| 4. Jornada | 20.09.1998 | Ionikos Nikea | - | AO Kavala | 4:2 | |
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| 5. Jornada | 26.09.1998 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 04.10.1998 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Piraeus | 5:0 | |
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| 7. Jornada | 25.10.1998 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 2:1 | |
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| 8. Jornada | 01.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 09.11.1998 | Olympiacos | - | Ionikos Nikea | 2:0 |  |
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| 10. Jornada | 21.11.1998 | AEK Athen | - | Ionikos Nikea | 2:1 | |
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| 11. Jornada | 29.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 06.12.1998 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | Ionikos Nikea | - | Veria FC | 1:0 | |
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