| 18. Jornada | 07.02.1999 | PAOK Saloniki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.1999 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.1999 | Ionikos Nikea | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | AO Kavala | - | Ionikos Nikea | 1:3 |  |
|||
| 22. Jornada | 07.03.1999 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 4:4 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Ionikos Nikea | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 04.04.1999 | Skoda Xanthi | - | Ionikos Nikea | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.04.1999 | Ionikos Nikea | - | Olympiacos | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | Ionikos Nikea | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 12.05.1999 | Veria FC | - | Ionikos Nikea | 0:2 |  |
|||
| 31. Jornada | 16.05.1999 | Ionikos Nikea | - | OFI Heraklion | 2:0 | |
|||
| 32. Jornada | 19.05.1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Ionikos Nikea | 1:4 | |
|||
| 33. Jornada | 23.05.1999 | Ionikos Nikea | - | AO Proodeftiki | 2:0 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | Ethnikos Asteras | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
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