| 3. Jornada | 23.08.2011 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 5:1 |  |
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| 4. Jornada | 28.08.2011 | FC St. Pauli II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 |  |
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| 12. Jornada | 06.11.2011 | Berliner AK 07 | - | FC St. Pauli II | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 13.11.2011 | FC St. Pauli II | - | Germania Halberstadt | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 18.11.2011 | Wolfsburgo II | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 30.11.2011 | FC St. Pauli II | - | Hallescher FC | 2:2 | ||||
| 16. Jornada | 03.12.2011 | SV Meppen | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 17.02.2012 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 26.02.2012 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 19. Jornada | 07.03.2012 | TSV Havelse | - | FC St. Pauli II | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 11.03.2012 | VFC Plauen | - | FC St. Pauli II | 4:1 | |
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| 24. Jornada | 17.03.2012 | FC St. Pauli II | - | Energie Cottbus II | 3:1 |  |
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| 25. Jornada | 24.03.2012 | Hannover II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | |
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| 26. Jornada | 31.03.2012 | ZFC Meuselwitz | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 04.04.2012 | FC St. Pauli II | - | Hamburgo II | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 08.04.2012 | FC St. Pauli II | - | RB Leipzig | 1:2 | |
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| 28. Jornada | 11.04.2012 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli II | 4:0 |
Alemania