| 18. Jornada | 20.08.2006 | JEF United Chiba | - | FC Tokyo | 3:4 |  |
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| 19. Jornada | 23.08.2006 | FC Tokyo | - | Avispa Fukuoka | 5:1 |  |
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| 20. Jornada | 26.08.2006 | Shimizu S-Pulse | - | FC Tokyo | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 30.08.2006 | FC Tokyo | - | Cerezo Osaka | 2:3 | ||||
| 22. Jornada | 09.09.2006 | FC Tokyo | - | Ventforet Kofu | 1:3 | |
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| 23. Jornada | 16.09.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | FC Tokyo | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 24.09.2006 | Kashima Antlers | - | FC Tokyo | 3:2 | ||||
| 25. Jornada | 30.09.2006 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 1:4 | ||||
| 26. Jornada | 07.10.2006 | Nagoya Grampus Eight | - | FC Tokyo | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 15.10.2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | FC Tokyo | 5:2 | ||||
| 28. Jornada | 22.10.2006 | FC Tokyo | - | Gamba Osaka | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 28.10.2006 | RB Omiya Ardija | - | FC Tokyo | 0:1 | ||||
| 30. Jornada | 11.11.2006 | FC Tokyo | - | Kawasaki Frontale | 5:4 | ||||
| 31. Jornada | 18.11.2006 | Júbilo Iwata | - | FC Tokyo | 4:1 | |
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| 32. Jornada | 23.11.2006 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 26.11.2006 | FC Tokyo | - | Urawa Red Diamonds | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 02.12.2006 | Oita Trinita | - | FC Tokyo | 0:1 |
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