| 3. Jornada | 13.07.2016 | Avispa Fukuoka | - | FC Tokyo | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 17.07.2016 | FC Tokyo | - | Kashiwa Reysol | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 27.08.2016 | Nagoya Grampus | - | FC Tokyo | 1:1 |  |
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| 11. Jornada | 10.09.2016 | FC Tokyo | - | Shonan Bellmare | 3:0 | |
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| 12. Jornada | 17.09.2016 | FC Tokyo | - | Urawa Red Diamonds | 1:3 | ||||
| 13. Jornada | 25.09.2016 | Gamba Osaka | - | FC Tokyo | 3:3 | ||||
| 14. Jornada | 01.10.2016 | Sanfrecce Hiroshima | - | FC Tokyo | 0:1 | |
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| 15. Jornada | 22.10.2016 | FC Tokyo | - | Kashima Antlers | 2:1 | ||||
| 16. Jornada | 29.10.2016 | FC Tokyo | - | Vegalta Sendai | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 03.11.2016 | RB Omiya Ardija | - | FC Tokyo | 0:1 |
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