| 3. Jornada | 12.08.2006 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:2 | ||||
| 8. Jornada | 23.09.2006 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 3:2 | ||||
| 15. Jornada | 11.11.2006 | Kamen Ingrad | - | NK Varteks | 1:4 | ||||
| 16. Jornada | 18.11.2006 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:3 | ||||
| 17. Jornada | 25.11.2006 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 31.03.2007 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 2:3 |  |
|||
| 25. Jornada | 07.04.2007 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 14.04.2007 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 02.05.2007 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 1:2 |
Croacia