| 7. Jornada | 13.08.2016 | Zenit 2 | - | FK Neftekhimik | 2:2 |  |
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| 9. Jornada | 21.08.2016 | Spartak Nalchik | - | Zenit 2 | 1:0 | |
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| 10. Jornada | 28.08.2016 | Zenit 2 | - | Luch-Energiya Vladivostok | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 10.09.2016 | Zenit 2 | - | FK Tosno | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 17.09.2016 | FK Tambov | - | Zenit 2 | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 26.09.2016 | Zenit 2 | - | SKA-Khabarovsk | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 02.10.2016 | FK Khimki | - | Zenit 2 | 2:1 | |
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| 17. Jornada | 15.10.2016 | Mordovia Saransk | - | Zenit 2 | 2:2 | ||||
| 18. Jornada | 22.10.2016 | Zenit 2 | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:4 | ||||
| 19. Jornada | 30.10.2016 | Fakel Voronezh | - | Zenit 2 | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 05.11.2016 | Zenit 2 | - | Shinnik Yaroslavl | 1:1 |  |
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| 23. Jornada | 19.11.2016 | Dinamo Moskva | - | Zenit 2 | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 26.11.2016 | Zenit 2 | - | Baltika Kaliningrad | 1:1 |
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