| 2. Jornada | 27.08.2006 | AE Lárissa | - | Atromitos | 2:1 |  |
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| 7. Jornada | 22.10.2006 | Atromitos | - | Olympiacos | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 05.11.2006 | Atromitos | - | Ergotelis | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 26.11.2006 | Panionios GSS | - | Atromitos | 0:0 | |
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| 13. Jornada | 03.12.2006 | Atromitos | - | Apollon Kalamarias | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 10.12.2006 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 0:3 | |
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| 15. Jornada | 16.12.2006 | Atromitos | - | Aris Saloniki | 1:1 | |
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| 16. Jornada | 06.01.2007 | OFI Heraklion | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 18. Jornada | 21.01.2007 | AEK Athen | - | Atromitos | 3:0 | |
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| 19. Jornada | 28.01.2007 | Atromitos | - | AO Kerkyra | 4:2 | ||||
| 20. Jornada | 03.02.2007 | Iraklis Saloniki | - | Atromitos | 2:3 |  |
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| 22. Jornada | 18.02.2007 | Olympiacos | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:2 | |
Francia