| 1. Jornada | 21.08.2016 | UD Logroñés | - | SD Leioa | 1:1 |  |
|||
| 2. Jornada | 27.08.2016 | SD Leioa | - | UD SS Reyes | 3:0 | ||||
| 4. Jornada | 11.09.2016 | SD Leioa | - | CD Mensajero | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 18.09.2016 | Real Madrid Castilla | - | SD Leioa | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 24.09.2016 | SD Leioa | - | Real Sociedad B | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 29.10.2016 | SD Leioa | - | CF Fuenlabrada | 0:0 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2016 | Rayo Majadahonda | - | SD Leioa | 2:2 | ||||
| 13. Jornada | 06.11.2016 | SD Leioa | - | CD Toledo | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 19.11.2016 | SD Leioa | - | SD Zamudio | 2:2 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | Bilbao Athletic | - | SD Leioa | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 08.01.2017 | SD Leioa | - | UD Logroñés | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 15.01.2017 | UD SS Reyes | - | SD Leioa | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 21.01.2017 | SD Leioa | - | CDA Navalcarnero | 2:0 | ||||
| 25. Jornada | 12.02.2017 | Real Sociedad B | - | SD Leioa | 1:3 | ||||
| 28. Jornada | 04.03.2017 | SD Leioa | - | SD Gernika | 1:1 | ||||
| 31. Jornada | 25.03.2017 | SD Leioa | - | Rayo Majadahonda | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 08.04.2017 | SD Leioa | - | UD Socuéllamos | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 07.05.2017 | SD Leioa | - | Sestao River | 1:1 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | Arenas de Getxo | - | SD Leioa | 4:3 |
España