| 19. Jornada | 18.12.2016 | Villarreal B | - | Mallorca B | 3:2 |  |
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| 20. Jornada | 08.01.2017 | Villarreal B | - | UE Cornellà | 4:2 | ||||
| 21. Jornada | 15.01.2017 | CF Gavà | - | Villarreal B | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 29.01.2017 | CE Sabadell | - | Villarreal B | 1:0 | |
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| 24. Jornada | 04.02.2017 | Villarreal B | - | UE Llagostera | 4:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.02.2017 | Valencia Mestalla | - | Villarreal B | 3:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.02.2017 | Villarreal B | - | CD Eldense | 4:0 | ||||
| 28. Jornada | 05.03.2017 | Villarreal B | - | Lleida Esportiu | 0:1 | |
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| 29. Jornada | 12.03.2017 | CE L'Hospitalet | - | Villarreal B | 2:2 | |
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| 30. Jornada | 18.03.2017 | Villarreal B | - | AE Prat | 2:1 | |
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| 31. Jornada | 25.03.2017 | Espanyol B | - | Villarreal B | 0:2 | ||||
| 32. Jornada | 01.04.2017 | Villarreal B | - | CD Ebro | 2:0 |
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