| 10. Jornada | 28.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:4 | ||||
| 11. Jornada | 03.09.2016 | Spartak Nalchik | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 12. Jornada | 10.09.2016 | FK Neftekhimik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 17.09.2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 26.09.2016 | FK Neftekhimik | - | Sokol Saratov | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 02.10.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 30.10.2016 | FK Tambov | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 19.11.2016 | FK Neftekhimik | - | Baltika Kaliningrad | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 19.03.2017 | FK Neftekhimik | - | Volgar Astrakhan | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 26.03.2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 01.04.2017 | FK Neftekhimik | - | Spartak Nalchik | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 29.04.2017 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Neftekhimik | 2:1 | ||||
| 36. Jornada | 10.05.2017 | FK Tyumen | - | FK Neftekhimik | 2:0 | ||||
| 37. Jornada | 14.05.2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tambov | 1:1 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | FK Neftekhimik | - | Enisey Krasnoyarsk | 0:2 |
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