| 11. Jornada | 03.09.2016 | Spartak Nalchik | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 12. Jornada | 10.09.2016 | FK Neftekhimik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 17.09.2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 26.09.2016 | FK Neftekhimik | - | Sokol Saratov | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 02.10.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Neftekhimik | 0:0 |  |
|||
| 16. Jornada | 08.10.2016 | FK Neftekhimik | - | Shinnik Yaroslavl | 1:2 | ||||
| 17. Jornada | 15.10.2016 | FK Tosno | - | FK Neftekhimik | 4:2 | |
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| 18. Jornada | 22.10.2016 | FK Neftekhimik | - | FK Tyumen | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 09.11.2016 | FK Neftekhimik | - | Dinamo Moskva | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 13.11.2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 |
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