| 29. Jornada | 25.03.2006 | Preußen Münster | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 18.04.2006 | FC St. Pauli | - | Hertha II | 1:1 | ||||
| 33. Jornada | 22.04.2006 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 34. Jornada | 28.04.2006 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 2:1 | ||||
| 35. Jornada | 06.05.2006 | Rot-Weiss Essen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 36. Jornada | 12.05.2006 | FC St. Pauli | - | Colonia | 3:1 | ||||
| 38. Jornada | 27.05.2006 | FC St. Pauli | - | Hamburgo II | 1:1 |
Alemania