| 22. Jornada | 28.01.2012 | Hércules CF | - | Villarreal B | 0:2 | ||||
| 23. Jornada | 03.02.2012 | Villarreal B | - | Barcelona B | 0:0 |  |
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| 28. Jornada | 10.03.2012 | Gimnàstic de Tarragona | - | Villarreal B | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 23.03.2012 | Villarreal B | - | Real Murcia | 2:0 |  |
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| 33. Jornada | 07.04.2012 | Villarreal B | - | Elche | 2:0 | |
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| 35. Jornada | 20.04.2012 | Villarreal B | - | Valladolid | 0:1 | ||||
| 38. Jornada | 13.05.2012 | Xerez CD | - | Villarreal B | 0:1 | ||||
| 39. Jornada | 16.05.2012 | Villarreal B | - | Huesca | 4:2 | ||||
| 40. Jornada | 19.05.2012 | Villarreal B | - | RC Recreativo | 2:0 | |
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| 30. Jornada | 22.05.2012 | Girona | - | Villarreal B | 2:1 | ||||
| 41. Jornada | 27.05.2012 | FC Cartagena | - | Villarreal B | 6:2 | |
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