| 1. Jornada | 21.08.2016 | UD SS Reyes | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 2. Jornada | 27.08.2016 | SD Gernika | - | CDA Navalcarnero | 4:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 | ||||
| 8. Jornada | 09.10.2016 | SD Gernika | - | Albacete | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 15.10.2016 | SD Gernika | - | SD Leioa | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 12.11.2016 | SD Zamudio | - | SD Gernika | 1:2 | ||||
| 15. Jornada | 19.11.2016 | SD Gernika | - | Bilbao Athletic | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 10.12.2016 | Arenas de Getxo | - | SD Gernika | 2:4 | ||||
| 29. Jornada | 11.03.2017 | SD Gernika | - | CF Fuenlabrada | 1:2 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 5:1 |
España