| Primera etapa | 15.10.2003 | Trabzonspor | - | Villarreal | 2:3 | ||||
| Segunda etapa | 06.11.2003 | Villarreal | - | Torpedo Moskva | 2:0 | ||||
| Segunda etapa | 27.11.2003 | Torpedo Moskva | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| Tercera ronda | 26.02.2004 | Galatasaray | - | Villarreal | 2:2 | ||||
| Tercera ronda | 03.03.2004 | Villarreal | - | Galatasaray | 3:0 | ||||
| Octavos de final | 11.03.2004 | Villarreal | - | Roma | 2:0 | ||||
| Cuartos de final | 08.04.2004 | Celtic FC | - | Villarreal | 1:1 |  |
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| Cuartos de final | 14.04.2004 | Villarreal | - | Celtic FC | 2:0 | |
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| Semifinales | 22.04.2004 | Villarreal | - | Valencia | 0:0 | ||||
| Semifinales | 06.05.2004 | Valencia | - | Villarreal | 1:0 |
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