| 4. Jornada | 11.09.2016 | CF Fuenlabrada | - | CDA Navalcarnero | 0:2 |  |
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| 5. Jornada | 18.09.2016 | CD Mensajero | - | CF Fuenlabrada | 1:1 | |
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| 7. Jornada | 01.10.2016 | Real Sociedad B | - | CF Fuenlabrada | 1:2 | ||||
| 8. Jornada | 09.10.2016 | CF Fuenlabrada | - | Real Unión | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 11.12.2016 | Barakaldo CF | - | CF Fuenlabrada | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 18.12.2016 | CF Fuenlabrada | - | Sestao River | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 08.01.2017 | CF Fuenlabrada | - | Arenas de Getxo | 1:0 | |
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| 21. Jornada | 15.01.2017 | UD Logroñés | - | CF Fuenlabrada | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 22.01.2017 | CF Fuenlabrada | - | UD SS Reyes | 3:2 | |
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| 26. Jornada | 19.02.2017 | CF Fuenlabrada | - | Real Sociedad B | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 25.02.2017 | Real Unión | - | CF Fuenlabrada | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 26.03.2017 | Albacete | - | CF Fuenlabrada | 0:4 | |
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| 35. Jornada | 22.04.2017 | CF Fuenlabrada | - | SD Zamudio | 4:2 | ||||
| 37. Jornada | 07.05.2017 | CF Fuenlabrada | - | Barakaldo CF | 1:1 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | Sestao River | - | CF Fuenlabrada | 0:2 |
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