| 2. Jornada | 02.09.2023 | Atlético Sanluqueño CF | - | Mérida AD | 2:2 | ||||
| 6. Jornada | 30.09.2023 | CD Castellón | - | Mérida AD | 5:1 | ||||
| 8. Jornada | 14.10.2023 | Córdoba | - | Mérida AD | 2:1 |  |
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| 9. Jornada | 21.10.2023 | Mérida AD | - | Real Murcia | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 29.10.2023 | Atlético B | - | Mérida AD | 1:1 | |
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| 11. Jornada | 05.11.2023 | Mérida AD | - | UD Ibiza | 1:2 | ||||
| 15. Jornada | 02.12.2023 | CF Intercity | - | Mérida AD | 0:1 | |
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| 16. Jornada | 10.12.2023 | Mérida AD | - | Málaga | 1:2 | ||||
| 19. Jornada | 14.01.2024 | Mérida AD | - | Granada B | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.01.2024 | Mérida AD | - | Atlético B | 0:0 | |
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| 22. Jornada | 04.02.2024 | Antequera CF | - | Mérida AD | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 11.02.2024 | Real Madrid Castilla | - | Mérida AD | 0:1 |  |
|
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| 26. Jornada | 03.03.2024 | Mérida AD | - | Atlético Baleares | 2:1 | |
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| 30. Jornada | 30.03.2024 | Mérida AD | - | Córdoba | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 07.04.2024 | Granada B | - | Mérida AD | 0:2 | |
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| 32. Jornada | 13.04.2024 | Mérida AD | - | Algeciras CF | 3:1 | ||||
| 33. Jornada | 21.04.2024 | UD Melilla | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 34. Jornada | 28.04.2024 | Mérida AD | - | Atlético Sanluqueño CF | 0:0 | ||||
| 35. Jornada | 05.05.2024 | Málaga | - | Mérida AD | 1:1 | |
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