| 29. Jornada | 05.03.2000 | CF Extremadura | - | Villarreal | 4:1 | ||||
| 30. Jornada | 12.03.2000 | Levante | - | Villarreal | 0:0 |  |
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| 32. Jornada | 26.03.2000 | Sporting | - | Villarreal | 1:2 |  |
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| 33. Jornada | 02.04.2000 | Villarreal | - | RC Recreativo | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 09.04.2000 | CD Toledo | - | Villarreal | 1:3 | ||||
| 35. Jornada | 16.04.2000 | Villarreal | - | CP Mérida | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 23.04.2000 | Atlético B | - | Villarreal | 1:4 | |
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| 37. Jornada | 30.04.2000 | Villarreal | - | Leganés | 2:0 | |
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| 38. Jornada | 07.05.2000 | Osasuna | - | Villarreal | 3:1 | |
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| 39. Jornada | 13.05.2000 | Villarreal | - | SD Compostela | 1:1 | ||||
| 40. Jornada | 20.05.2000 | Córdoba | - | Villarreal | 2:4 | ||||
| 41. Jornada | 28.05.2000 | Villarreal | - | Las Palmas | 1:1 | ||||
| 42. Jornada | 04.06.2000 | CD Logroñés | - | Villarreal | 1:0 |
España