| 1. Jornada | 19.08.2012 | Alcorcón | - | CD Guadalajara | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 25.08.2012 | CD Guadalajara | - | Girona | 1:5 | ||||
| 3. Jornada | 01.09.2012 | Villarreal | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 22.09.2012 | CD Guadalajara | - | Real Madrid Castilla | 3:4 |  |
|||
| 7. Jornada | 29.09.2012 | CE Sabadell | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 06.10.2012 | CD Guadalajara | - | Xerez CD | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 13.10.2012 | CD Guadalajara | - | Ponferradina | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 20.10.2012 | Hércules CF | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 27.10.2012 | CD Guadalajara | - | Las Palmas | 2:3 | ||||
| 12. Jornada | 04.11.2012 | Córdoba | - | CD Guadalajara | 1:0 | |
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| 13. Jornada | 10.11.2012 | CD Guadalajara | - | Sporting | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 18.11.2012 | Huesca | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 24.11.2012 | CD Guadalajara | - | RC Recreativo | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 02.12.2012 | Mirandés | - | CD Guadalajara | 0:0 |  |
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| 26. Jornada | 16.02.2013 | CD Guadalajara | - | Almería | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 24.02.2013 | Real Madrid Castilla | - | CD Guadalajara | 2:1 |
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