| 1. Jornada | 21.08.2016 | Real Murcia | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 28.08.2016 | Mérida AD | - | Lorca FC | 2:2 | ||||
| 3. Jornada | 04.09.2016 | UD Melilla | - | Mérida AD | 4:0 | ||||
| 4. Jornada | 11.09.2016 | Mérida AD | - | Granada B | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 18.09.2016 | San Fernando CD | - | Mérida AD | 2:0 | ||||
| 6. Jornada | 25.09.2016 | Mérida AD | - | FC Cartagena | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 02.10.2016 | Marbella FC | - | Mérida AD | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 09.10.2016 | Mérida AD | - | Real Jaén | 1:0 |  |
|||
| 9. Jornada | 16.10.2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | Mérida AD | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 23.10.2016 | Mérida AD | - | Extremadura UD | 5:1 | ||||
| 11. Jornada | 29.10.2016 | CF Villanovense | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2016 | Mérida AD | - | FC Jumilla | 2:0 | ||||
| 13. Jornada | 06.11.2016 | RB Linense | - | Mérida AD | 2:5 | |
 |
||
| 14. Jornada | 13.11.2016 | Mérida AD | - | RC Recreativo | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | Mérida AD | - | Córdoba B | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 11.12.2016 | Mérida AD | - | CD El Ejido 2012 | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 18.12.2016 | La Roda CF | - | Mérida AD | 0:0 | |
|||
| 20. Jornada | 08.01.2017 | Mérida AD | - | Real Murcia | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 15.01.2017 | Lorca FC | - | Mérida AD | 2:0 |
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