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| I | Elche | - | Benidorm CD | 1:1 | ||
| V | Benidorm CD | - | Elche | 2:1 | ||
| I: 23.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Benidorm CD | ||||
| I | Las Palmas | - | SD Compostela | 2:0 | ||
| V | SD Compostela | - | Las Palmas | 1:0 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Las Palmas | ||||
| I | CD Tropezón | - | UE Lleida | 0:0 | ||
| V | UE Lleida | - | CD Tropezón | 4:0 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: UE Lleida | ||||
| I | CD Ourense | - | Sporting | 0:0 | ||
| V | Sporting | - | CD Ourense | 4:3 pn. | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Sporting | ||||
| I | CD Binéfar | - | Osasuna | 0:0 | ||
| V | Osasuna | - | CD Binéfar | 2:0 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Osasuna | ||||
| I | UD SS Reyes | - | Albacete | 2:1 | ||
| V | Albacete | - | UD SS Reyes | 2:2 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: UD SS Reyes | ||||
| I | Cartagonova FC | - | Levante | 0:2 | ||
| V | Levante | - | Cartagonova FC | 4:1 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 06.10.1998 | Campeones: Levante | ||||
| I | CP Cacereño | - | Sevilla | 0:4 | ||
| V | Sevilla | - | CP Cacereño | 2:2 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 06.10.1998 | Campeones: Sevilla | ||||
| I | Jerez CF | - | RC Recreativo | 2:1 | ||
| V | RC Recreativo | - | Jerez CF | 0:1 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Jerez CF | ||||
| I | Cádiz CF | - | Málaga | 1:3 | ||
| V | Málaga | - | Cádiz CF | 3:0 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Málaga | ||||
| I | SD Beasain | - | CD Logroñés | 3:1 | ||
| V | CD Logroñés | - | SD Beasain | 0:0 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: SD Beasain | ||||
| I | Barakaldo CF | - | Numancia | 0:2 | ||
| V | Numancia | - | Barakaldo CF | 3:2 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Numancia | ||||
| I | Talavera CF | - | Leganés | 0:0 | ||
| V | Leganés | - | Talavera CF | 1:1 | ||
| I: 24.09.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: Talavera CF | ||||
| I | AD Ceuta | - | CD Badajoz | 0:1 | ||
| V | CD Badajoz | - | AD Ceuta | 2:1 | ||
| I: 01.10.1998 | V: 07.10.1998 | Campeones: CD Badajoz | ||||
