| 3. Jornada | 13.09.1998 | Panionios GSS | - | Apollon Smyrnis | 4:2 |  |
|||
| 4. Jornada | 21.09.1998 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 27.09.1998 | Panionios GSS | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 6. Jornada | 04.10.1998 | AO Kavala | - | Panionios GSS | 1:5 |  |
|||
| 7. Jornada | 26.10.1998 | Panionios GSS | - | Veria FC | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 31.10.1998 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 08.11.1998 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | Panionios GSS | - | AO Proodeftiki | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 21.12.1998 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 1:0 | |
|||
| 15. Jornada | 16.01.1999 | Panionios GSS | - | Ethnikos Asteras | 2:0 | |
|||
| 16. Jornada | 23.01.1999 | Olympiacos | - | Panionios GSS | 5:0 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.1999 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 08.02.1999 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Veria FC | - | Panionios GSS | 3:1 | |
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