| 2. Jornada | 21.07.2012 | NK Maribor | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 1. Jornada | 01.08.2012 | NK Aluminij | - | FC Koper | 0:3 | ||||
| 4. Jornada | 04.08.2012 | NK Domžale | - | FC Koper | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 11.08.2012 | FC Koper | - | Rudar Velenje | 1:0 |  |
|||
| 6. Jornada | 18.08.2012 | ND Gorica | - | FC Koper | 2:0 | |
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| 7. Jornada | 26.08.2012 | FC Koper | - | ND Mura 05 | 4:1 | |
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| 9. Jornada | 16.09.2012 | FC Koper | - | NK Celje | 1:0 | |
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| 11. Jornada | 26.09.2012 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:3 |  |
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| 12. Jornada | 30.09.2012 | NK Triglav | - | FC Koper | 4:0 | |
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| 14. Jornada | 20.10.2012 | Rudar Velenje | - | FC Koper | 0:0 | |
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| 16. Jornada | 04.11.2012 | ND Mura 05 | - | FC Koper | 2:3 | |
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| 18. Jornada | 10.11.2012 | NK Celje | - | FC Koper | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 25.11.2012 | NK Maribor | - | FC Koper | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 30.03.2013 | Olimpija Ljubljana | - | FC Koper | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 11.05.2013 | Rudar Velenje | - | FC Koper | 1:4 |
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