| 20. Jornada | 08.01.2017 | Córdoba B | - | San Fernando CD | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 15.01.2017 | San Fernando CD | - | Atlético Mancha Real | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 22.01.2017 | CD El Ejido 2012 | - | San Fernando CD | 4:0 |  |
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| 27. Jornada | 26.02.2017 | San Fernando CD | - | Granada B | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 05.03.2017 | San Fernando CD | - | Real Murcia | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 12.03.2017 | FC Cartagena | - | San Fernando CD | 2:1 | |
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| 30. Jornada | 19.03.2017 | San Fernando CD | - | Marbella FC | 1:1 | ||||
| 31. Jornada | 26.03.2017 | Real Jaén | - | San Fernando CD | 4:2 | ||||
| 32. Jornada | 02.04.2017 | San Fernando CD | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 09.04.2017 | Extremadura UD | - | San Fernando CD | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 16.04.2017 | San Fernando CD | - | CF Villanovense | 0:1 | |
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| 35. Jornada | 22.04.2017 | FC Jumilla | - | San Fernando CD | 1:2 | |
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| 36. Jornada | 30.04.2017 | San Fernando CD | - | RB Linense | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 07.05.2017 | RC Recreativo | - | San Fernando CD | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | San Fernando CD | - | Linares Deportivo | 4:1 |
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