| 26. Jornada | 22.02.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 25.02.2012 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 28.02.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 03.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 10.03.2012 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 17.03.2012 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 20.03.2012 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
|||
| 31. Jornada | 24.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 3:1 | |
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| 23. Jornada | 27.03.2012 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 01.04.2012 | Stuttgart II | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 | ||||
| 33. Jornada | 07.04.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 2:0 | ||||
| 34. Jornada | 10.04.2012 | VfR Aalen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:1 | ||||
| 35. Jornada | 14.04.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Darmstadt | 2:1 |  |
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