| 9. Jornada | 27.08.2016 | SV Kirchanschöring | - | FC Pipinsried | 0:2 |  |
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| 10. Jornada | 04.09.2016 | FC Pipinsried | - | TSV 1896 Rain | 2:0 | |
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| 15. Jornada | 08.10.2016 | FC Ismaning | - | FC Pipinsried | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.10.2016 | 1. FC Sonthofen | - | FC Pipinsried | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 13.11.2016 | FC Pipinsried | - | TSV Kottern-St. Mang | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 27.11.2016 | FC Pipinsried | - | TSV 1883 Bogen | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 26.03.2017 | FC Pipinsried | - | SV Kirchanschöring | 1:0 | |
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| 29. Jornada | 15.04.2017 | Jahn Regensburg II | - | FC Pipinsried | 0:1 | ||||
| 30. Jornada | 23.04.2017 | FC Pipinsried | - | SpVgg Hankofen-Hailing | 2:0 | |
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| 31. Jornada | 30.04.2017 | TSV Schwabmünchen | - | FC Pipinsried | 1:0 |
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