| 23. Jornada | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 05.04.2017 | Hallescher FC | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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| 32. Jornada | 08.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 33. Jornada | 15.04.2017 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 4:0 | ||||
| 34. Jornada | 22.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Lotte | 3:1 | |
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| 35. Jornada | 28.04.2017 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | |
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| 36. Jornada | 06.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 37. Jornada | 13.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | VfL Osnabrück | - | SC Paderborn 07 | 0:0 |
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