| 11. Jornada | 16.10.2016 | Chemnitzer FC | - | Mainz II | 4:1 | ||||
| 12. Jornada | 23.10.2016 | Mainz II | - | Jahn Regensburg | 2:0 |  |
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| 13. Jornada | 29.10.2016 | Hansa Rostock | - | Mainz II | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 05.11.2016 | Mainz II | - | SG Sonnenhof Großaspach | 0:2 | ||||
| 15. Jornada | 19.11.2016 | Hallescher FC | - | Mainz II | 2:0 |  |
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| 18. Jornada | 11.12.2016 | Mainz II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 19. Jornada | 17.12.2016 | Fortuna Köln | - | Mainz II | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 28.01.2017 | FSV Zwickau | - | Mainz II | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 10.02.2017 | VfL Osnabrück | - | Mainz II | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 17.02.2017 | Mainz II | - | MSV Duisburg | 0:2 | ||||
| 24. Jornada | 25.02.2017 | Mainz II | - | Preußen Münster | 3:1 | |
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| 25. Jornada | 04.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Mainz II | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 18.03.2017 | Mainz II | - | Holstein Kiel | 0:3 | ||||
| 29. Jornada | 25.03.2017 | Rot-Weiß Erfurt | - | Mainz II | 0:0 | ||||
| 30. Jornada | 31.03.2017 | Mainz II | - | Chemnitzer FC | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 04.04.2017 | Jahn Regensburg | - | Mainz II | 2:1 |  |
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| 38. Jornada | 20.05.2017 | Mainz II | - | Fortuna Köln | 4:0 |
Alemania