| 1. Jornada | 15.08.2008 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 |  |
|||
| 3. Jornada | 31.08.2008 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | ||||
| 4. Jornada | 12.09.2008 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 5. Jornada | 19.09.2008 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 26.09.2008 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 7. Jornada | 05.10.2008 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:2 | ||||
| 8. Jornada | 19.10.2008 | Augsburgo | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 9. Jornada | 24.10.2008 | FC St. Pauli | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:0 | |
|||
| 15. Jornada | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 30.01.2009 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 13.02.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 31. Jornada | 10.05.2009 | FC St. Pauli | - | Mainz | 2:0 | ||||
| 33. Jornada | 17.05.2009 | TuS Koblenz | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 24.05.2009 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
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