| 1. Jornada | 05.08.2006 | VfB Lübeck | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.2006 | Kickers Emden | - | VfB Lübeck | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 12.08.2006 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
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| 4. Jornada | 20.08.2006 | Hamburgo II | - | VfB Lübeck | 1:0 | |
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| 5. Jornada | 26.08.2006 | VfB Lübeck | - | Holstein Kiel | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 16.09.2006 | VfL Osnabrück | - | VfB Lübeck | 3:2 | ||||
| 11. Jornada | 13.10.2006 | VfB Lübeck | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2006 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 28.10.2006 | VfB Lübeck | - | Wuppertaler SV | 5:0 |  |
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| 14. Jornada | 05.11.2006 | Borussia Dortmund II | - | VfB Lübeck | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 11.11.2006 | VfB Lübeck | - | Werder Bremen II | 0:2 |
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