| 10. Jornada | 29.10.1999 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 19.11.1999 | Hannover | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 28.11.1999 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 3:1 | ||||
| 14. Jornada | 05.12.1999 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 12.12.1999 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 15.12.1999 | FC St. Pauli | - | Colonia | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 25.02.2000 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 24.03.2000 | Kickers Offenbach | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 02.04.2000 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 07.04.2000 | Mainz | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 14.04.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 24.04.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 28.04.2000 | FC St. Pauli | - | Hannover | 0:2 | ||||
| 30. Jornada | 05.05.2000 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 31. Jornada | 12.05.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 18.05.2000 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 33. Jornada | 21.05.2000 | Colonia | - | FC St. Pauli | 6:3 | ||||
| 34. Jornada | 26.05.2000 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:1 | |
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