| 6. Jornada | 25.08.2012 | Preußen Münster | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |  |
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| 7. Jornada | 28.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Chemnitzer FC | 3:2 | ||||
| 8. Jornada | 02.09.2012 | Darmstadt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 16.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 21.09.2012 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 12. Jornada | 29.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hallescher FC | 3:1 | ||||
| 13. Jornada | 06.10.2012 | Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 |  |
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| 14. Jornada | 20.10.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfL Osnabrück | 1:3 |
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