| 6. Jornada | 22.09.2016 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 14.10.2016 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 22.10.2016 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 31.10.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 07.11.2016 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 11.12.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:2 |
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