| 1. Jornada | 28.07.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 0:1 |  |
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| 2. Jornada | 07.08.2017 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | |
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| 3. Jornada | 18.08.2017 | Darmstadt | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 4. Jornada | 26.08.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 01.10.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 0:2 | |
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| 10. Jornada | 13.10.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 23.10.2017 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 27.10.2017 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:1 |  |
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| 13. Jornada | 04.11.2017 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 19.11.2017 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 2:2 | |
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| 15. Jornada | 26.11.2017 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 16. Jornada | 01.12.2017 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 5:0 | ||||
| 28. Jornada | 01.04.2018 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 07.04.2018 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 30. Jornada | 14.04.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 21.04.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 32. Jornada | 28.04.2018 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:0 |
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