| 3. Jornada | 17.08.2003 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 4. Jornada | 23.08.2003 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2003 | FC St. Pauli | - | Hamburgo II | 3:0 | ||||
| 8. Jornada | 20.09.2003 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 02.11.2003 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 15.11.2003 | KFC Uerdingen 05 | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
|||
| 20. Jornada | 28.02.2004 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 27.03.2004 | Rot-Weiss Essen | - | FC St. Pauli | 1:0 | |
|||
| 25. Jornada | 02.04.2004 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 09.05.2004 | Colonia | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 31. Jornada | 15.05.2004 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2004 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 05.06.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 3:2 | |
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