| 7. Jornada | 13.09.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 16.09.2006 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Magdeburg | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 30.09.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 14.10.2006 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2006 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 28.10.2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 14. Jornada | 04.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Hertha II | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.2006 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 11.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wilhelmshaven | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 18.11.2006 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 25.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Kickers Emden | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 07.12.2006 | Hamburgo II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 |
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