| 5. Jornada | 30.08.2003 | VfR Neumünster | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 6. Jornada | 06.09.2003 | SC Paderborn 07 | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 20.09.2003 | SC Paderborn 07 | - | SG Wattenscheid 09 | 3:2 | ||||
| 9. Jornada | 27.09.2003 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 04.10.2003 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 24.10.2003 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 15.11.2003 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 3:1 | ||||
| 17. Jornada | 22.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | Schalke II | 3:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | Borussia Dortmund II | 1:3 | ||||
| 27. Jornada | 17.04.2004 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 01.05.2004 | Hamburgo II | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2004 | SC Paderborn 07 | - | Chemnitzer FC | 4:0 |  |
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