| 20. Jornada | 13.02.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 21. Jornada | 23.02.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 |  |
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| 22. Jornada | 01.03.2009 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 5:1 | ||||
| 23. Jornada | 06.03.2009 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 3:2 | ||||
| 31. Jornada | 10.05.2009 | FC St. Pauli | - | Mainz | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 14.05.2009 | Ingolstadt | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 17.05.2009 | TuS Koblenz | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 24.05.2009 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
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