| 2. Jornada | 28.07.2012 | Preußen Münster | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 08.08.2012 | Preußen Münster | - | Hansa Rostock | 5:2 |  |
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| 5. Jornada | 11.08.2012 | SV Wehen Wiesbaden | - | Preußen Münster | 2:2 | |
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| 6. Jornada | 25.08.2012 | Preußen Münster | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |  |
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| 7. Jornada | 29.08.2012 | Hallescher FC | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 01.09.2012 | Preußen Münster | - | Stuttgart II | 0:0 | |
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| 9. Jornada | 15.09.2012 | VfL Osnabrück | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 30.03.2013 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 06.04.2013 | Preußen Münster | - | 1. FC Saarbrücken | 3:3 | ||||
| 33. Jornada | 13.04.2013 | Kickers Offenbach | - | Preußen Münster | 0:1 | |
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| 27. Jornada | 16.04.2013 | Stuttgart II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 20.04.2013 | Preußen Münster | - | Karlsruher SC | 2:1 | |
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| 36. Jornada | 04.05.2013 | Preußen Münster | - | Stuttgarter Kickers | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 11.05.2013 | SpVgg Unterhaching | - | Preußen Münster | 3:0 | |
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