| 6. Jornada | 21.09.2018 | Ingolstadt | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 26.09.2018 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 30.09.2018 | Hamburgo | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 28.10.2018 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 04.11.2018 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 10.11.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 25.11.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 01.12.2018 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 1:1 |  |
|||
| 16. Jornada | 10.12.2018 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 18. Jornada | 22.12.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 4:1 | ||||
| 23. Jornada | 23.02.2019 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.03.2019 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 0:1 |  |
|||
| 27. Jornada | 29.03.2019 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 06.04.2019 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 31. Jornada | 27.04.2019 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 4:3 | ||||
| 32. Jornada | 03.05.2019 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 2:1 |
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