| 26. Jornada | 18.02.2012 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 25.02.2012 | Wacker Burghausen | - | Darmstadt | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 28.02.2012 | Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 2:3 | ||||
| 28. Jornada | 03.03.2012 | Arminia Bielefeld | - | Wacker Burghausen | 2:2 |  |
|||
| 25. Jornada | 07.03.2012 | Wacker Burghausen | - | VfL Osnabrück | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 10.03.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 | ||||
| 30. Jornada | 17.03.2012 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 24.03.2012 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 31.03.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 33. Jornada | 07.04.2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 11.04.2012 | Wacker Burghausen | - | Preußen Münster | 1:0 |  |
|||
| 35. Jornada | 14.04.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 36. Jornada | 21.04.2012 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 2:3 | ||||
| 37. Jornada | 28.04.2012 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 4:0 |
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