| 1. Jornada | 03.08.2012 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 11.08.2012 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 1:1 |  |
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| 3. Jornada | 25.08.2012 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 4. Jornada | 01.09.2012 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 17.09.2012 | Colonia | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 21.09.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 25.09.2012 | FC St. Pauli | - | VfR Aalen | 0:1 | ||||
| 8. Jornada | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 |  |
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| 9. Jornada | 05.10.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | |
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| 12. Jornada | 03.11.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 14. Jornada | 19.11.2012 | Hertha | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 25.11.2012 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:1 | ||||
| 19. Jornada | 15.12.2012 | Ingolstadt | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 20. Jornada | 03.02.2013 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 10.02.2013 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2013 | FC St. Pauli | - | Colonia | 0:1 |  |
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| 27. Jornada | 01.04.2013 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 06.04.2013 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:2 | |
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