| 7. Jornada | 28.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Chemnitzer FC | 3:2 | ||||
| 8. Jornada | 02.09.2012 | Darmstadt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 16.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 12. Jornada | 29.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hallescher FC | 3:1 | ||||
| 13. Jornada | 06.10.2012 | Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 15. Jornada | 27.10.2012 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 02.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Alemannia Aachen | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 10.11.2012 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 | ||||
| 30. Jornada | 16.03.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 06.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Stuttgart II | 1:0 | ||||
| 34. Jornada | 20.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Arminia Bielefeld | 3:0 |  |
|||
| 36. Jornada | 04.05.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:2 |
Alemania