| 7. Jornada | 24.09.2006 | FC St. Pauli II | - | VSK Osterholz-Scharmbeck | 3:0 | ||||
| 8. Jornada | 01.10.2006 | SV Henstedt-Rhen | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 22.10.2006 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel II | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 29.10.2006 | Eintracht Nordhorn | - | FC St. Pauli II | 5:1 | ||||
| 12. Jornada | 05.11.2006 | FC St. Pauli II | - | VfL Osnabrück II | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 10.12.2006 | Altona 93 | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 18. Jornada | 15.12.2006 | Eintracht Braunschweig II | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 18.02.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Ramlingen/Ehlershausen | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 25.02.2007 | Arminia Hannover | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 04.03.2007 | FC St. Pauli II | - | Wolfsburgo II | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 22.04.2007 | VfL Osnabrück II | - | FC St. Pauli II | 1:4 | ||||
| 30. Jornada | 29.04.2007 | FC St. Pauli II | - | ASV Bergedorf | 4:1 |
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