| 4. Jornada | 03.09.2006 | SV Ramlingen/Ehlershausen | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 10.09.2006 | FC St. Pauli II | - | Arminia Hannover | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 17.09.2006 | Wolfsburgo II | - | FC St. Pauli II | 7:1 | ||||
| 9. Jornada | 14.10.2006 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 22.10.2006 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel II | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 29.10.2006 | Eintracht Nordhorn | - | FC St. Pauli II | 5:1 |
Alemania