| 1. Jornada | 28.07.2000 | SV 07 Elversberg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 05.08.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Darmstadt | 3:2 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2000 | Eintracht Trier | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 01.09.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 16.09.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Mannheim | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 24.09.2000 | Stuttgart II | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 |  |
|||
| 11. Jornada | 08.10.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 14.10.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 1:3 | ||||
| 14. Jornada | 27.10.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 04.11.2000 | Sportfreunde Siegen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 12.11.2000 | TSV 1860 München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:0 | ||||
| 19. Jornada | 03.12.2000 | Darmstadt | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 20. Jornada | 09.12.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 03.03.2001 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Trier | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 23.05.2001 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSV 1860 München II | 1:2 |
Alemania