| 16. Jornada | 23.03.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Zwickau | 1:1 |  |
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| 20. Jornada | 10.04.2013 | TSG Neustrelitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 24. Jornada | 14.04.2013 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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| 21. Jornada | 16.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Lok Leipzig | 3:0 | ||||
| 25. Jornada | 20.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | ZFC Meuselwitz | 4:1 | ||||
| 26. Jornada | 28.04.2013 | VFC Plauen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 |  |
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| 18. Jornada | 07.05.2013 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | |
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| 28. Jornada | 11.05.2013 | Torgelower SV Greif | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 15.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin II | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 19.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | RB Leipzig | 4:5 | ||||
| 22. Jornada | 22.05.2013 | Optik Rathenow | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 30. Jornada | 25.05.2013 | Energie Cottbus II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:4 |
Alemania